同济大学建筑工程系目前设有土木工程一级学科之下的3个二级学科，即结构工程、土木工程施工和土木工程计算机仿真。其中，结构工程是同济大学历史最为悠久、综合实力最强的传统强势学科，1981年被国务院学位委员会批准为首批硕士和博士学位授予点，1984年首批设有博士后科研流动站；1987年入选为国家级重点学科，2001年入选为上海市重点学科,2006年专业评估中继续入选国家级重点学科。同时，根据国民经济发展和学科建设的需要，2003年和2005年，由教育部授权，同济大学在土木工程一级学科下分别自主设置了土木工程施工和土木工程计算机仿真两个二级学科。
　　经过近百年的发展，建筑工程系在三个二级学科、十八个研究方向上形成了鲜明特色，具有十分强实的师资和科研力量。现有博士生和硕士生导师62人，其中工程院院士1人、国家高层次人才4人；这些成就卓著的专家学者，在人才培养、教学改革、科学研究、社会服务、国际合作与交流等各个层面取得了国内外公认的丰硕成果。主持完成了国家攀登B计划、国家973和863计划、国家自然科学基金重点项目、国家科技部、建设部、教育部、上海市科委、建委、教委等资助的大量纵向科研项目及国际合作重点项目；负责完成了上海市及其他省市诸多重大、重点工程项目关键课题的研究；主编和参编了100多部国家和上海市有关建筑结构设计、施工、检测、鉴定等标准或规范；开发了一批具有自主知识产权的计算机应用软件；获得了众多的国家级、省部级的教学成果奖和科技进步奖，为国家建设做出了具有重要影响的贡献。同时，与欧洲、美国、加拿大、澳大利亚、日本、韩国等许多大学和机构建立了合作关系，经常开展师生访问、学术交流、共同研究等活动和项目，主办了多次国际学术会议。由于本学科整体实力处于国际先进、国内领先的地位，一些学术组织和刊物挂靠在本学科点上。
　　迄今为止，建筑工程系已为国家培养了各类优秀人才一万六千余人，其中硕士生1690人，工程硕士630人，博士生（含博士后）650人。
　　建筑工程系所设的结构工程、土木工程施工和土木工程计算机仿真等三个二级学科均可授予工学硕士学位，工学博士学位，以及工程硕士学位。