以国家自然科学基金重大项目、国家十五攻关项目以及863系列专题等项目为主体进行基础研究，2005年至今，建筑工程系获取国家科学技术进步奖10项、省、部级科技进步奖34项、上海市科技进步奖46项。

建筑工程系基于历年来申请的国家自然科学基金、国家十五攻关项目、863系列专题项目、省部级项目及横向课题展开科学研究。2000年来，我系在国内外发表论文近7000篇，其中国际期刊1472篇、国内期刊4139篇、国际会议1292篇。

结合自己的科学研究成果和工程实践经验，至今建筑工程系教师出版著作80余本。

长期以来，特别是近年来，随着国家基础建设的发展、科研成果的积累、新技术新工艺的采用，工程结构的主要国家标准、协会标准、地方标准及行业标准，建筑工程系几乎都参加了相关课题研究和历次修订。至今，建筑工程系主编参编的已实施的国家标准、协会标准、地方标准、行业标准共130余本。

2006年来建筑工程系获取专利三百余项。