建筑工程系隶属土木工程学院，是同济大学历史最悠久的系之一，以其培养的卓越人才和丰硕的教学科研成果在国内外享有盛名。

建筑工程系前身始于1914年同济医工学堂的土木科。根据国家需要，建筑工程系经历多次变动。1952年高等院校院系调整，前交通大学、复旦大学、圣约翰大学等11所院校的土木建筑系科并入同济大学，同济大学成为以土木建筑学科为主的学校，设立了结构系、铁路公路系、上下水道系、测量系等五个土木建筑学科的系。结构系就是现在建筑工程系的开端，1958年更名为建筑工程系。1980年建筑工程系扩大为土建结构工程系，1982年改为结构工程系。1987年成立结构工程学院，结构工程系又改名为建筑工程系。1996年原上海建材学院、上海城市建设学院的建筑工程系并入。2000年原上海铁道大学土木学院建筑工程专业并入。