建筑工程系注重科研促教学、注重成果的转化，负责完成了国家攀登B计划、国家863计划、国家科技攻关项目、国家自然科学基金重点（重大）项目、杰出青年基金项目，以及教育部、建设部、上海市科委、建委和教委等资助的大量纵向科研项目；负责完成了上海东方明珠电视塔、上海大剧院、上海八万人体育场、上海浦东国际机场、上海火车南站、中央电视台新楼、国家大剧院、国家体育场等重大工程的课题研究；主编或参编了多部国家或地方有关建筑结构设计、施工、检测、鉴定标准和规范；开发了多个计算机应用软件。