建筑工程系办学一贯秉承“严谨、求实、团结、创新”的同济校训和“同舟共济、自强不息”的同济精神，强调人才培养、师资队伍、科学研究、国际交流、社会服务等各项事业的优质、协调发展。

注重学生“品行素质、专业技能、创新意识、国际视野、社会责任”的一体化培养，以学生为本，强调因材施教、理论联系实际与工程实践锻炼；注重教师“教书育人、教学水平、科研能力、开拓创新”同步发展的师资队伍建设；注重基础性学术研究与国家重大工程背景的应用性研究相结合，强化试验室装备建设，促进科技成果转化、社会技术服务与贡献，推动学科发展；注重开门办学，加强国际间教育合作与学术交流，深化系企合作，提升国内外社会影响；注重各项规章制度建设，改善师生工作、学习环境和服务质量。  

建筑工程系实行“系务委员会”+“教授委员会”的运作机制。“系务委员会”负责全系各项工作的管理与服务，执行学校和学院的政策、规章制度以及“教授委员会”的决议；“教授委员会”负责对全系的学科建设与发展作出决策，提出学科发展规划与学科建设方案。