建筑工程系设有：

(1) 一个本科生专业——土木工程专业建筑工程课群方向； 

(2) 结构工程、土木工程施工、土木工程计算机仿真三个学科的硕士点； 

(3) 结构工程、土木工程施工、土木工程计算机仿真三个学科的博士点； 

(4) 结构工程、土木工程施工、土木工程计算机仿真三个学科的博士后流动站。 

1981年，结构工程学科被国务院学位委员会批准为首批博士点；1984年，被批准建立首批博士后流动站；1987年，结构工程学科被评为国家级重点学科；1998年结构工程学科被教育部确定为首批“长江学者奖励计划”特聘教授学科及国家“211工程”重点建设学科；2001年，结构工程学科继续入选国家重点学科，同时被评为上海市重点学科。2004年，经教育部同意学校自主设置土木工程施工和土木工程计算机仿真两个二级学科的硕士点和博士点，同时在此二学科接受博士后流动人员。 

1998年开始，本科生统一为土木工程专业，由土木工程学院招生并管理，研究生由建筑工程系招生并管理。